Образовательное учреждение «Лицей» было создано в 1993 году.
19 декабря 2018 г. лицей отметил свой 25-летний юбилей. По этому случаю прошло торжественное мероприятие. Поздравить коллектив юбиляра пришли должностные лица органов местного самоуправления — первый заместитель главы города Яна Зубова, депутат городской Думы Людмила Останина, председатель комитета по образованию Наталья Белышева и другие.
С праздничным приветствием также выступили директор лицея Марина Саломатова, председатель горкома работников просвещения Наталья Кропачева, председатель Наблюдательного совета учреждения Ирина Черкасова, и руководители тобольских школ.
В честь юбилейной даты большая группа педагогов и сотрудников коллектива была удостоена наград главы города и председателя городской Думы. Яна Зубова и первый руководитель лицея Владимир Бортвин со сцены вспомнили этапы развития и становления образовательного учреждения, в частности — они говорили о трудностях с учебными площадями в момент создания лицея (учреждение размещалось в помещениях иных школ), об отсутствии финансирования в первые годы, когда зарплаты учителям платили за счет благотворительной помощи представителей тобольского бизнеса, городских предприятий и организаций.
Сегодня же лицей занимает достойное место в муниципальной системе образования города Тобольска, и справедливо гордится своей историей, традициями и успехами учащихся, неоднократно становившихся победителями и призёрами школьных олимпиад различного уровня.