В северо-западном углу Тобольского кремля находится Тобольский тюремный замок. В марте 1838 г. в Санкт-Петербурге был утвержден проект губернского архитектора Вейгеля о строительстве этой тюрьмы: «По высочайшему повелению, объявленному Его Сиятельству господину Генерал-губернатору, западной Сибири господином Главнокомандующем путями и сообщения и публичными сооружениями от 30 апреля 1938 года за № 1341, разрешена постройка в г. Тобольске каменного тюремного замка на 250 подсудимых и 500 арестантов, по плану Высочайше утвержденному по проекту губернского архитектора Вейгеля».
Постройку предполагалось произвести в 4 года, начиная с 1841 г. Были назначены публичные торги на производство всех работ с опубликованием вызовов через столичные газеты и губернские ведомости. Губернскому архитектору Суворову было поручено рас планирование места под строительство. Таким местом стала территория в верхней части города на Троицком мысу, у его северо-западной кромки. При смене здесь стен Тобольского кремля в 1782 г. и разбора ветхой Троицкой церкви в 1791 г. здесь образовалась значительная свободная площадка.
После перемещения Вейгеля в Пермь, работами продолжали руководить несколько архитекторов, окончание строительство принадлежало Губернскому архитектору, титулярному советнику Черненко.
С 1846 по 1849 г. строительство Тюремного комплекса в основном было закончено, но при приеме комиссия сочла, слишком высокими помещения боковых одноэтажных флигелей, и они были переделаны понижены. Эти и другие переделки, а также достройка церкви задержали открытие тюрьмы до 1855 года. Об объеме выполненных работ говорит тот факт, что на постройку Тюремного замка была затрачена сумма в 130 тысяч рублей серебром. Освящение построенного Тюремного замка и тюремной церкви во имя Александра Невского состоялось 25 ноября 1855 года. Тюрьма была построена на 750 чел., но обычно меньше полутора тысяч в нем не бывало.
В тюремном замке содержались арестанты разряда ссыльные и пересыльные, заключенные на сроки по судебным приговорам, срочные и бессрочные. При размещении арестантов в тюрьму соблюдалось требование закона о подразделении по полам, возрастам и категориям преступлении. Срочные, подследственные, пересыльные арестанты содержались в особых, изолированных отделениях, где была возможность дифференциации режимов. Дети арестантов помещались совместно с арестантами.
В штате тюремного замка состоял священник. В его обязанности входило духовно-нравственная сторона жизни арестантов. По мере возможности, он старался утверждать арестантов в правилах православной церкви и гражданского долга. С этой целью священник вел с ними поучительные беседы, произносил собственные проповеди и выдавал грамотным для чтения Библию, Евангелие и книги нравственно-назидательного содержания.
Комплекс Тюремного замка состоит из пяти зданий. По своему внешнему виду они мало чем напоминали тюрьму, и только внутреннее расположение раскрывало облик и суть всего комплекса. Открывался комплекс административным зданием (штаб) с арочными проемами для ворот.
В центре находился смотровой корпус, в котором позднее была размещена тюремная больница. Здесь же до революции располагалась сапожная мастерская, складские помещения, аптека и карцеры для нарушителей режима.
Справа от смотрового находится корпус № 3 первоначально выстроенный для заключенных, следующих дальше на восток. В 1876 г. в этом корпусе было размещено военно-каторжное отделение, а в 1890 г. мастерские. В советское время в этом корпусе размещали нарушителей режима из первого и второго корпусов, здесь же находились воры-рецидивисты, убийцы и заключенные, приговоренные к смертной казни.
Корпус № 1 с тюремной церковью Александра Невского служил для содержания опасных уголовных преступников-рецидивистов. В 1882 г. корпус был разделен на две части: арестантское и каторжное отделение. После революции в корпусе содержались особо опасные преступники.
В корпусе № 2 до революции размещались политические заключенные, там же находилось и женское отделение. В советское время в корпусе содержались подследственные и малолетние преступники.
Корпуса построены по коридорной системе, по боковым сторонам от которого находились камеры — одно-, четырех- и восьмиместные. В самых сырых полуподвальных помещениях находились карцера для провинившихся.
Основные задачи, возложенные на Тюремный замок это содержание арестантов в крепости, отправка их на каторжные работы и поселение. Через тюремный замок прошли такие известные люди как поэт М. И. Михайлов, В. Г. Короленко и Н. Г. Чернышевский.
В июле 1907 и октябре 1918 года в Тюремном замке происходят два больших бунта, которые были подавлены с большой жестокостью.
В 1930-х годах тюрьма была ячейкой Тобольского опер/сектора НКВД. С 1937 по 1938 гг. в Тобольске было расстреляно 2500 человек, из которых только в ночь на 14 октября 1937 г. ‑ 217. В 1941 г. во время подхода немецко-фашистских войск к Москве в Тобольск были эвакуированы заключенные из Бутырской и Липецкой тюрем. Это была одна из самых серьезных тюрем, режим заключения в которых был строже, чем в колонии.
В 1970 г. на территории Тюремного замка были прорыты подземные ходы, отныне вывод на работу и перевод заключенных из корпуса в корпус осуществлялся только по ним. В 1972 г. в тюрьме содержалось 1300 человек.
В 1989 году в интересах МВД СССР и жителей города было принято решение о переводе Тобольской тюрьмы в Харп, на приполярный Урал. До 1994 г. корпуса тюрьмы принадлежали епархии. Затем территория тюремного замка разделена на три части: к епархии отошли корпус № 2 и сиропитательный корпус. Штабной корпус, корпус тюремной больницы и корпуса № 1 и № 3 принадлежат музею-заповеднику. На основе корпуса, где размещались тюремные мастерские в настоящий момент выстроено новое здание архива.